Posteriormente, el régimen de Assad intentó encubrir sus crímenes. Testigos locales describen cómo camiones llegaban al lugar para exhumar cadáveres y trasladarlos, posiblemente miles, a otros sitios. Un olor nauseabundo impregnaba la zona durante estas operaciones. "Todos en el pueblo sabían lo que estaban haciendo", relata un agricultor que vivía en las cercanías.
Antes incluso de que estallara la guerra civil, Al Qutayfa ya estaba altamente militarizada y albergaba múltiples unidades del ejército. Según varios funcionarios locales, la Tercera División del ejército sirio, conocida por su lealtad al régimen, tenía bajo su supervisión el sitio donde se encuentra la fosa.
Lo que comenzó con un número reducido de prisioneros políticos se transformó en un sistema planificado para eliminar a los opositores del gobierno. Si bien parte de los desaparecidos fueron personas vinculadas a grupos terroristas islámicos, el régimen no diferenciaba entre opositores.












