Rosatti asumió en junio de ese año, con una Corte reducida a tres miembros tras la salida de Eugenio Zaffaroni y Carlos Fayt. Compartió entonces mayoría con Ricardo Lorenzetti y Juan Carlos Maqueda, conformando lo que se conoció como una "mayoría peronista", que en ocasiones votaba contra las posiciones del gobierno de Cambiemos, dejando aislado a Rosenkrantz.
En sus años en la Corte, Rosatti firmó fallos incómodos tanto para el macrismo como para el kirchnerismo. Por ejemplo, frenó el tarifazo del gas en 2016, pero en 2017 se pronunció a favor del pago del Impuesto a las Ganancias para nuevos jueces. También fue uno de los jueces que votó inicialmente el polémico 2x1 a genocidas —fallo que la Corte luego rectificó por la presión social—.
Más relevante aún para el presente político, Rosatti ratificó la condena del exvicepresidente Amado Boudou por el caso Ciccone, y también se pronunció en contra de los recursos presentados por la dirigente kirchnerista Milagro Sala, condenada y con prisión domiciliaria desde 2016. En 2019, votó para impedir la re-reelección de los gobernadores Sergio Casas y Alberto Weretilneck, un fallo clave contra los intentos de perpetuación en el poder.
Las críticas de Cristina Fernández hacia Rosatti han sido sistemáticas desde su designación. En una durísima carta pública a fines de 2020, acusó a la Corte de “encabezar y dirigir el proceso de Lawfare” en su contra. “Esa articulación mediática-judicial para perseguir y encarcelar opositores se desplegó con toda su intensidad desde la llegada de Mauricio Macri a la Presidencia y, lo que es peor: aún continúa”, sostuvo la exmandataria, en una frase que evidencia el tono conspirativo con el que suele referirse a su situación judicial.
La contradicción kirchnerista queda al desnudo: aquel jurista que Néstor llevó al gabinete y que el Frente de Todos votó sin objeciones para integrar la Corte, hoy se transforma en uno de sus principales enemigos políticos. En efecto, Rosatti fue uno de los tres jueces que condenaron a Cristina Kirchner.